士林地院在判決中多次點出檢方的錯誤，例如檢方僅根據南院籌建計畫書的「可行性研究」出現聯盛，就認定南院內定讓聯盛得標，法院認「實屬無稽」；還強調，故宮若已內定，「豈有將聯盛載明於籌畫書中呈報行政院，將犯意昭告天下之理」。士林地檢署則表示待收到判決書，再決定是否上訴。
... 故宮南院弊案偵查期間，檢方曾在四十七天內四度聲押在學界和藝術界享有崇高聲譽的石守謙，追訴態度極為強硬，最後則獲一百萬元交保。.... 民進黨執政時期被檢方追訴的官員，除了石守謙昨天一審被判無罪外，近期高院更一審審理前總統陳水扁國務機要費涉貪污部分、台北地院審理前國安會秘書長邱義仁被控詐領「安亞專案」機密外交款案，也先後獲判無罪，且合議庭對當初檢方的起訴理由很有意見，比如邱義仁部分，法官認為明明有證據可證邱義仁根本未詐領，因此判無罪，檢方的草率起訴已引發外界質疑。
